沼氣發酵原料經過沼氣池的厭氧發酵，不僅含有極其豐富的多種營養元素和微生物代謝產物，而且含有提高植物抗逆性的激素、抗菌素等，因此，沼液不僅可以用來防治植物病蟲害而且還能提高植物抗逆性。
    用沼液防治不同的病害，而且生產出的農產品無農藥殘留，生產過程中不會污染周邊環境。其用量以及配合的藥劑也有所不同，需區別對待。這里介紹用沼液防治果樹蚜蟲、紅蜘蛛和小麥赤霉病、西瓜枯萎病等幾個實例，供農民朋友們參考。
    1、防治蚜蟲：果樹和蔬菜出現蚜蟲時，可用沼液進行防治。具體的方法是：用沼液14千克，10%的洗衣粉溶液0.5千克，配制成沼液復方治蟲劑，用噴霧器噴施。噴施時間最好選擇在晴天的上午進行。每畝田一次噴施35千克，第二天再噴施一次。生產實踐表明，用產氣好的沼液來防治果樹和蔬菜蚜蟲，噴施一次，防治率為70%左右，噴施兩次可達96%以上。
    2、防治果樹紅蜘蛛：在蘋果、柑橘等果樹的生長期間，用沼液原液或加少量農藥噴施果樹可防治果樹紅、黃蜘蛛等病蟲害。沼液濃度越高殺蟲效果越好，用沼液噴施果樹時加入吡蟲啉或滅掃利等農藥，殺蟲殺卵效果非常顯著，而且藥效能持續30天以上。
    3、沼液防治小麥赤霉病：赤霉病是小麥生產中的主要病害之一，發病率高，流行面積大。正常發酵產氣沼氣池中的沼液對小麥赤霉病有明顯的防治效果，它的作用和生產上所用的多菌靈效果相當；使用沼液原液噴施，效果最佳，使用量通常是每畝噴50～100千克，在盛花期噴一次，隔3～5天再噴一次，防治率能夠達到80%。
    4、沼液防治西瓜枯萎病：西瓜枯萎病是西瓜生產的大敵。在西瓜生產中，可以用20倍沼液浸種8小時，并在生長期葉面噴施10～20倍沼液3～4次，基本上可以控制枯萎病的大面積發生。在西瓜膨大期，結合葉面噴施沼液，用沼渣進行追肥，不但枯萎病得到控制，而且能獲得較高的產量，西瓜品質也有所提高。
    此外，沼液對棉花的枯萎病和炭疽病菌、馬鈴薯枯萎病、小麥根腐病、水稻小球菌核病和紋枯病、玉米的大小斑病菌以及果樹根腐病菌也有較強的抑制和滅殺作用。